유키코는 사촌 동생인 마키코와 함께 미국에 있는 외삼촌인 아리모리 유타로를 방문하여 가족의 옛날이야기를 들려달라고 부탁한다. 제2차 세계대전 이후 일본과 가족을 떠나 미국으로 건너간 물리학자 아리모리 유타로는 그 부탁을 받고는 온 힘을 기울여 일족의 회상록을 쓴 다음 표지에 ‘유키코를 위하여, 마키코를 위하여’라고 써서 유키코에게 전한다. 훗날 암 선고를 받게 된 유키코는 이 회상록과 함께 자신의 어머니와 이모들의 옛 노트를 파리에 거주하고 있던 마키코에게 보낸다.

파리 태생인 마키코의 아들 파트리스는 청년이 되어 회상록 뭉치를 발견한 뒤 일본어를 공부해가면서 이를 해독해나가며, 이제는 늙어버린 어머니 마키코를 위해 이 기록을 프랑스어로 옮긴다. 회상록은 메이지 유신 이전부터 태평양전쟁으로 인해 일본이 패망할 때까지 아리모리 집안의 이야기를 담고 있었다. 도쿄제국대학 출신의 지질학자인 아버지와 무사 계급 출신 어머니를 부모로 둔 막내아들 유타로의 어린 시절은 행복한 것이었다. 이 시절의 무대가 되는 고후 분지에서 후지 산과 남알프스 산들을 바라보면서 아리모리 유타로와 형, 다섯 누나들이 성장해가는 풍경에 역사적인 사건, 그리고 신화적인 모티프가 교차되어간다.

번쩍번쩍 온몸이 빛나는 말, 불타는 돌을 입에 물고 하루 만에 후지 산을 넘어 달리는 말들. 기다려어, 기다려어, 외치면서 마부를 쫓아가는 무서운 산녀(山女) 가몬카카. 산속에서 활약하던 무장 신앙 집단 미다케슈 이야기. 할머니의 죽음 후 찾아낸 뜰의 소나무 구멍, 그 속에 들어 있던 스물네 마리나 되는 뱀들. 쌀을 구하려다 결국 폭도로 변하는 농민들.
어느 누구도 흉내 낼 수 없었던 할아버지의 신기한 양치질. 아버지 겐이치로와의 등산. 한없이 믿음직스럽던 형 고타로. 어린 유타로와 할아버지가 비밀스럽게 지켜본 말들. 산사태 같기도 하고 홍수 속의 강 흐름 같기도 했던 검은 말들의 질주. 자기를 산속의 원숭이라고 부르던 일. 어떤 의미에서 아리모리 집안의 황금 시대였다고도 할 수 있는 그 무렵의 일들을 유타로는 기억해낸다.

그러나 아버지 겐이치로가 갑자기 사망하고, 집안의 희망이었던 형 고타로도 의과대학에 당당히 합격하지만 곧 병으로 사망하면서 아리모리 집안에 불행이 찾아온다. 일본이 전쟁을 시작하면서 급속도로 제국주의화하자 자유주의자였던 아버지 겐이치로와 형 고타로의 영향을 받은 아리모리 집안사람들은 답답한 공기를 견디지 못하고 생활도 점점 궁핍해진다. 그러나 그들은 후지 산이 바라다보이는 고향 가이코마에서 때때로 희망을 찾고 때로 절망하기도 하면서 시대를 견뎌낸다.

전쟁이 끝났지만 집안의 불행은 계속된다. 음악을 좋아했던 막내 누나 사쿠라코는 시대적인 상황 때문에 음악을 포기하고 한 남자와 약혼하지만 갑자기 남자가 징집되자 7년 동안이나 혼자서 살았는지 죽었는지 알 수 없는 약혼자를 기다린다. 7년 만에 드디어 약혼자가 돌아오자 결혼, 곧바로 임신하지만 결핵에 걸려 입원하게 된다. 의사에게서 출산은 절대 안 된다는 말을 듣지만, 결국 아기를 낳는 것을 선택하고 천신만고 끝에 낳은 아기를 멀리서 보는 것조차 금지당한 채 유명을 달리한다. 둘째 누나인 후에코와 결혼한 화가 스기 도고는 오늘 그리고 있는 그림을 내일도 그리게 해달라고 간절히 기도하지만 수수께끼 같은 죽음을 당한다. 유타로는 자기 집안과 일본을 버리고 미국으로 건너가 물리학을 공부하기로 결심한다.