도자기 할아버지가 천년의 아이에 얽힌 설화를 이야기해 준다. 가야 시대 괴물에게 잡혀 간 소녀를 구하러 소년이 배를 타고 바다로 나갔다는 내용이다.

송희는 통나무배에 앉은 천년의 아이가 죽은 동생 건영과 닮아서 5·18 광주 민주화 운동이 일어난 오월의 그날을 회상한다. 5·18 민주화 운동이 일어나던 5월 21일, 송희는 도청 앞 시이 구경을 갔다가 동생 건영은 총에 맞아 죽고 건영의 친구 수정은 행방불명이 되는 사건이 벌어진다. 송희만 병원에서 발견된다. 송희는 건영이 죽은 것이 자기 때문이라는 죄책감으로 사로잡힌다.

도자기 할아버지와 딸 송희는 망월동 건영의 무덤으로 가서 도자기로 만든 통나무배와 열두 띠 동물 병정을 상석 위에 올려놓았는데, 그날 밤 무덤 속에서 건영의 혼이 나와 통나무배에 앉은 천년의 아이 눈 속으로 들어가 천년의 아이로 환생한다. 천년의 아이는 열두 띠 동물 병정을 태우고 괴물에게 잡혀간 공주를 구하러 가기 위해 하늘로 통나무배를 저어 간다.

블랙홀을 통해 가야 시대 아라가야의 비웅벌 부족국으로 간 천년의 아이 건영은 아리포 바다에서 부족장의 딸 수정공주를 만난다. 그러나 곧바로 수정공주가 505붉은안개섬에 사는 마왕 괴물에게 잡혀간다. 마왕 괴물은 이 세상의 왕이 되기 위해 빨간 악마바위신에게 신탁을 받는다. 비웅벌 부족국의 열두 띠의 건장한 남자 백성들도 잡아와 괴물로 만들고, 수정공주와 비웅벌 부족국의 왕과 왕비를 잡아와 이 세상의 왕이 되라고 한다. 부족 백성들과 수정공주가 잡혀가자 건영과 열두 띠 동물 병정들은 수정공주를 구하기 위해 이팝나무 신에게 기도한다. 주먹밥, 요술구술, 요술 칼을 만들고 위급할 때는 나팔을 세 번만 불라는 이팝나무신의 신탁을 받는다.

건영과 열두 띠 동물 병정들은 마왕 괴물에게 잡혀간 수정공주를 구하러 폭풍의 바다를 건너 505붉은안개섬으로 간다. 마왕 괴물에게 잡혀 온 백성 괴물들을 주먹밥으로 물리치고 요술구슬을 던져 마왕 괴물을 물리친다. 건영은 수정공주를 구해 다시 블랙홀로 통해 망월동 5·18 민주 묘지로 돌아온다. 건영의 묘를 다시 찾은 도자기 할아버지와 송희는 건영의 상석 위에 있는 도자기 통나무배에서 하얀 조개 목걸이와 소금 알갱이를 발견한다. 송희는 오월의 그날 도청 앞으로 데모 구경을 가자고 한 사람이 건영이 아니라 자기였다고 고백하고, 도자기 할아버지는 니는 죄가 없다며 천년의 아이에게 말한다.
“이놈아, 천년이 지나더라도 기다릴게.”