요한복음은 공관복음서(마, 막, 눅)와는 달리 기록 방식이나 기록 시기, 관점, 전달하려는 메시지 등에서 차이를 보인다. 사복음서(마, 막, 눅, 요) 중 마태복음은 유대인을 대상으로, 마가복음은 로마인, 누가복음은 헬라인(헬레네스, are opposed to Jews, the primary reference is to a difference of religion and worship)을 예표하는 이방인, 요한복음은 모든 민족을 대상으로 기록한 것이다. 곧 예루살렘과 온 유대와 사마리아와 땅끝까지의 택정함을 입은 자들(카데마이)을 위한 말씀이다. 그런 사복음서에는 각각의 별명도 있다. 마태복음(왕으로 오신 예수님)은 사자 복음, 자색(존귀, 위엄, 부귀) 복음이라고 한다. 핵심구절은 5장 17절로서 “내가 온 것은 율법이나 선지자를 폐하러 온 것이 아니요 완전케 하려 함”이라고 하셨다.

마가복음(종으로 오신 예수님)은 소 복음, 홍색(피, 십자가 보혈) 복음이다. 핵심구절은 10장 45절로서 “내가 온 것은 섬김을 받으려 함이 아니라 섬기려 하고 많은 사람(만세 전에 택정함을 입은 자)의 대속물로 주려 함”이라고 하셨다. 누가복음(인자, 인성으로 오신 예수님, 역사상 유일한 의인이신 예수님)은 인자 복음, 흰색(승리-죽음 이기시고 부활, 성결, 의인) 복음이다. 핵심구절은 19장 10절로서 “내가 온 것은 잃어버린 자(만세 전에 택정함을 입은 자)를 찾아 구원하려 함”이라고 하셨다. 요한복음(신성, 예수는 하나님이시다)은 독수리 복음, 청색(푸른 하늘의 색, 하나님나라로부터 오신) 복음이다. 핵심구절은 20장 31절로서 “예수, 그리스도, 생명”이심을 강조하고 있다.
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사도 요한은 이 구절에서 요한복음의 핵심 주제 3단어를 “예수, 그리스도, 생명”이라고 분명하게 밝히고 있다. 구원자이신 예수님만이 성부 하나님의 유일한 기름부음 받은 자로서 그리스도요 메시야라는 것이다. 그 예수님만이 길이요 진리요 생명이시며 예수님으로 인해서만 구원(생명)을 얻어 지금 현재형 하나님나라를 누리게 되고 장차 아날뤼시스(육신적 죽음, 이동 혹은 옮김) 후에는 미래형 하나님나라에 들어갈 수 있음을 말씀하고 있다. 결국 요한복음은 예수님의 신성, 곧 하나님의 아들이심을 줄곧 강조하고 있다. 그렇기에 “나는~나다(I am~: 에고 에이미)”라는 자기 선언을 일곱(7, 쉐바솨바. 맹세, 언약, 약속, 완전수 /떡; 빛; 양의 문; 선한 목자; 부활이요 생명; 길, 진리, 생명; 포도나무) 번이나 하셨던 것이다. 이는 출애굽기 3장 14절의 “나는 스스로 있는 자(I am who I am)”라는 말씀과 상통하고 있다.
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2부인 표적들의 책(The Book of Signs)은 요한복음 본문의 두 기둥(The Book of signs & The Book of Glory)중 첫 번째로 1장 19절~12장 50절까지이다. 이곳에서는 7(약속, 언약, 맹세, 완전수, 쉐바솨바)개의 표적들(signs)을 소개하며 ‘예수, 그리스도, 생명’이심을 드러내고 있다. 독특한 것은 모든 표적은 예수님의 ‘때’ 즉 십자가 죽음에 맞추어져 있다는 것이다.
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3부인 영광의 책(The Book of Glory)은 요한복음 13장 1절~20장 31절까지로서 그리스도의 승귀(Ascension of Christ)를 잘 보여주고 있다. 특히 요한복음 13-16장에서는 긴 강화설교를 통해 예수님의 자기 백성에 대한 안타까움과 사랑(관심)을 세족식, 하나님나라, 하나님과의 바른 관계와 친밀한 교제, 또 다른 보혜사 성령님의 사역을 통해 세세하게 보여주고 있다.
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요한복음은 7가지 표적들(The Book of Signs)을 1장 19절에서 12장 50절까지 기록하고 있다. 그리고 그 표적들(signs, not miracle)을 통해 20장 31절에서는 요한복음의 기록 목적인 “예수, 그리스도, 생명”이심을 드러내고 있다. 이곳 2장에는 예수님이 행하신 많은 표적 중 첫 번째 표적, 곧 가나의 혼인잔치 이야기가 나온다. 당연히 잔치의 주인공은 어린 양이신 신랑 예수님과 그 신부 된 교회인 우리들이다. 그리고 잔치에 꼭 필요한 것은 ‘기쁨’을 상징하는 포도주이다. 가나의 혼인잔치에서는 자칫하면 그 기쁨의 상징인 포도주가 떨어져 엉망이 될 뻔했다. 그러자 예수님은 이내 곧 물로 포도주를 만드셨다. 그럼으로써 가나 혼인잔치는 계속하여 기쁨의 잔치를 누릴 수 있었다. 여기서 ‘포도주’는 우리를 위해 흘리신 예수 그리스도의 십자가 보혈을 상징(초림의 경우/재림의 경우-천국 입성과 영생)한다.
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4장에 등장하는 사마리아 여인은 비록 현실적으로나 인간적으로 보기에는 험악한 삶을 살고 있었으나 실제로는 성부하나님의 은혜로 만세 전에 택정함을 입었던, 행복한 자였음에 틀림없다. 그런 그녀였기에 하나님의 섭리(providence)와 경륜(administration), 예정(predestination)과 작정(decree)에 따라 ‘때가 되매’ 예수님을 만나게 된 것이다. 그런 그녀는 ‘주신 믿음(피스티스)’으로 ‘허락하신 믿음(피스튜오)’에 이르게 되어 구원자 예수를 통해 성부하나님의 ‘믿음(하나님의 미쁘심, 신실하심, 피스토스)’으로 만세 전에 택정하심을 따라 구원이 된 것이다.
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바로 요한복음 5장의 베데스(베이트, a house, favor, goodness, kindness, 헤세드, Bethesda, 자비의 집, 예루살렘 동북쪽 양문 곁) 못 곁의 38년 된 병자 이야기는 안식일의 ‘진정한 주인’은 누구신지, ‘진정한 안식’이란 무엇인지를 동시에 보여주고 있는 것이다.그렇다. 예수님이 바로 안식일의 주인이시다. 그런 예수님 안에서만 진정한 안식과 견고함을 누릴 수가 있다. 그 예수님이 바로 ‘다른 하나님(기능론적 종속성), 한 분 하나님(존재론적 동질성)’이신 삼위일체 하나님이시다. 그러므로 공관복음에 나타난 안식일 논쟁에서의 논점은 크게 두 가지이다. 첫째는 선행보다는 생명과 영혼에 대한 사랑의 우월성이고 둘째는 인자가 곧 안식일의 주인이라는 것이다.