고려대학교 노문학과를 졸업하고, 모스크바 국립대학에서 석·박사학위를 받았다. 현재 아주대학교 다산학부대학 부교수이다. 전공은 19세기 러시아문학 비평사 및 비평이론이다. 연세의대에서 펠로우로 있으면서 2년간 문학 강의를 했고, 서울의대, 고려의대, 가톨릭의대, 인제의대 등에서 ‘문학과 의학’, ‘예술과 의학’ 등을 강의했다. 최근에는 문학과 의학의 학제간 연구를 하고 있다. 저서로 『아름다움이 세상을 구원할 것이다』(2012), 『감염병과 인문학』(공저, 2014), 『문학과 의학의 접경－의료문학의 이론과 쟁점』(2023) 등이 있고, 역서로 『젊은 의사의 수기·모르핀』(2011), 『사고와 언어』(공역, 2021) 등이 있다.

1958년 대전에서 태어나, 서울대학교 불어불문학과와 같은 과 대학원을 졸업했다. 1979년 『동아일보』 신춘문예에 「조세희론」으로 입선하며 평단에 나왔다. 소천비평문학상, 팔봉비평문학상, 대산문학상, 김환태평론문학상 등을 수상했다. 현재 연세대학교 국어국문학과 교수로 재직 중이다.

지은 책으로 『문학, 존재의 변증법』, 『존재의 변증법 2』, 『스밈과 짜임』, 『문명의 배꼽』, 『무덤 속의 마젤란』, 『문학이라는 것의 욕망』, 『문신공방 하나』, 『네안데르탈인의 귀환―소설의 문법』, 『네안데르탈인의 귀향―내가 사랑한 시인들?처음』, 『글숨의 광합성』, 『1980년대의 북극꽃들아, 뿔고둥을 불어라―내가 사랑한 시인들·두번째』, 『뫼비우스 분면을 떠도는 한국문학을 위한 안내서―존재의 변증법 5』, 『문신공방 둘』, 『문신공방 셋』 등이 있다.

부드러운 언어로 삶의 생채기를 어루만지고 세상의 모든 경계를 감싸안는 시인이다. 1939년 일본 도쿄에서 동화작가 마해송과 무용가 박외선의 장남으로 태어났다. 어린 시절 바닷가에 앉아 혼자 동시를 쓰기 시작했던 소년은 중학생 시절부터 일약 ‘학원’ 문단의 스타가 되어 친구들의 연애편지 대필을 도맡는 등 타고난 시인의 재능을 맘껏 선보인다.

자연스럽게 문인의 길로 접어드는 듯 했으나 어려운 고국의 현실을 외면하지 말라는 주위의 권유로 연세대학교 의대에 진학했다. 1959년 본과 일학년때 박두진 시인의 추천으로 『현대문학』에 등단하면서 ‘의사시인’으로서의 길을 걷게 된다. 1966년 미국으로 건너간 후, 오하이오 주립대학 병원에서 수련의 시절을 거쳐 미국 진단방사선과 전문의가 되었고, 오하이오 의과대학 방사선과 및 소아과 교수 시절에는 그해 최고 교수에게 수여하는 ‘황금사과상’을 수상했다. 이후 톨레도 아동병원 방사선과 과장, 부원장까지 역임했고 2002년 의사생활을 은퇴할 때까지 ‘실력이 뛰어나고 인간미 넘치는 의사’로서 명성을 쌓았다. 은퇴한 후에는 연세대 의대의 초빙 교수로 본과 2년생에게 새 학과목인 ‘문학과 의학’을 5년간 가르쳤다.

고국을 떠나 이국에서 보내야했던 그리움과 고독의 시간을 자신만의 시어로 조탁하여 『조용한 개선』을 시작으로 『두번째 겨울』(1965), 『평균율』(공동시집: 1권 1968, 2권 1972), 『변경의 꽃』 (1976), 『안 보이는 사랑의 나라』(1980), 『모여서 사는 것이 어디 갈대들뿐이랴』(1986), 『그 나라 하늘빛』 (1991), 『이슬의 눈』 (1997), 『새들의 꿈에서는 나무 냄새가 난다』(2002), 『우리는 서로 부르고 있는 것일까』 (2006), 『하늘의 맨살』 (2010), 『마흔두 개의 초록』 (2015) 등의 시집을 펴냈다. 그 밖에 『마종기 시전집』 (1999), 시선집 『보이는 것을 바라는 것은 희망이 아니므로』 (2004), 산문집 『별, 아직 끝나지 않은 기쁨』(2003)과 『아주 사적인, 긴 만남』(2009), 『당신을 부르며 살았다』 (2010), 『우리 얼마나 함께』 (2013), 『사이의 거리만큼, 그리운』 (2014) 등 수많은 시집을 펴냈다. 한국문학작가상, 편운문학상, 이산문학상, 동서문학상, 현대문학상, 박두진문학상, 대산문학상을 받았으며, 2009년에는 시 「파타고니아의 양」으로 현대문학상을 수상했다.