이른 아침, 일본인 산감독은 벌목꾼들을 데리고 뒷산으로 올라간다. 태평양 전쟁에 쓸 소나무를 베기 위해서다. 송근이 할아버지는 소나무를 지키려다 순사에게 멱살을 잡힌다. 보다 못한 송근이는 순사에게 흙덩이를 던진다. 송근이가 잡혀가려는 찰나, 얼굴에 숯검댕이를 묻힌 바보 만재 형이 나타나 도와 주고, 송근이와 할아버지는 집으로 무사히 돌아온다. 할아버지는 송근이에게 집안 대대로 지켜온 솔숲은 우리 민족의 정신임으로 반드시 지켜야 한다고 말한다. 다음 날 송근이의 할아버지는 솔숲을 지키다 경찰서에 끌려간다. 그리고 옥살이의 충격으로 화병을 얻어 돌아가신다. 할아버지는 눈 속의 소나무 밑에 재로 뿌려지고, 송근이는 큰 슬픔에 빠진다. 송근이는 할아버지를 잃고 나서야 비로소 우리나라가 처한 현실을 깨닫는다.

분노에 찬 송근이는 벌목장에 가서 벌목꾼들을 향해 소리를 지르고, 학교에서는 친일하는 친구들과 싸운다. 새학기가 시작된 날, 송근이는 우리말을 썼다는 이유로 선생님에게 심하게 매를 맞고 학교를 그만둔다. 그날부터 송근이는 집에서 책을 읽으며 소나무를 살리기 위해 노력한다.
어느 날, 할머니와 솔숲에 갔던 송근이는 바보 만재 형이 몇몇 청년들과 심각한 이야기를 나누는 것을 목격한다. 그리고 만재 형이 바보가 아니라, 바보인 척하면서 독립 운동을 꾀하는 비밀 결사대의 대장임을 알게 된다. 그 일을 계기고 송근이는 만재 형을 대신해서 비밀 결사대에 편지를 전달하는 일을 하게 된다. 송근이는 순사의 눈을 피해 어두운 숲길을 걸어간다. 도망치고 관두고 싶은 마음이 굴뚝 같지만, 돌아가신 할아버지를 생각하며 큰 용기를 낸다. 편지를 무사히 전한 송근이는 자신도 나라를 위해 일했다는 자부심을 갖는다.

양식은 날이 갈수록 부족해지고 일본이 곧 망할 거라는 소문이 돈다. 엎친 데 덮친 격으로 홍수가 난다. 일본이 소나무를 베어간 탓에 마을은 물난리가 난다. 마을 사람들은 소나무가 얼마나 소중한지 깨닫고 힘을 모아 일본인 벌목꾼들로부터 소나무를 지킨다. 그리고 한뜻으로 물에 잠긴 마을을 재건한다. 몇 달이 지나고 마을 사람들이 수박 파티를 하고 있을 때, 만재 형이 우리나라가 해방되었다는 소식을 전한다. 서로 얼싸안고 좋아하는 마을 사람들. 송근이는 할아버지가 잠든 솔숲을 향해 힘차게 뛰어간다.