2034년.
온 세상이 폐허로 변해버렸다. 인류는 거의 전멸되었다.
방사능으로 파괴되어버린 도시는 더 이상 삶의 터전이 아니다.

모스크바를 덮친 미사일 폭격에서 살아남은 자들만이 메트로에서 살고 있다. 최후 심판의 날에 목숨을 부지한 자들에게는 이곳이 노아의 방주나 다름없다. 지구표면은 온통 방사능에 오염되었고, 돌연변이가 된 괴물들이 득실거린다. 이제 생존자들은 오직 지하에서만 연명할 수 있다.

모스크바 지하철역들은 하나의 도시이자 국가가 되었고, 역들을 연결하고 있는 터널에는 칠흑 같은 어둠과 공포가 도사리고 있다. 세바스토폴역은 마치 고대그리스의 스파르타와 같은 도시국가가 되었고, 이곳 주민들은 생존과 방어를 위해 사투를 벌인다.
그러던 어느 날, 세바스토폴역은 광대한 메트로에서 떨어져 고립되고, 세바스토폴역의 주민들은 끔찍한 죽음의 기로에 서게 된다. 오직 진정한 영웅만이 그들을 구해낼 수 있을 것이다.

사령관은 헌터가 냉혹한 과거에서 예기치 않게 돌아온 것에 대해 불평할 수 없었다. 그는 이 역에 온 뒤로 역을 방어하는 데 중심적인 역할을 했지만, 데니스 미하일로비치 사령관은 그가 완전히 돌아왔다고 믿을 수 없었다.
작년에 헌터가 끔찍하고 괴기스럽게 죽었다는 소문이 지하철의 터널을 타고 사방에 퍼졌었다. 그래서 두 달 전에 헌터가 갑자기 사령관을 찾아왔을 때, 문을 열어주기 전에 십자가를 그었을 정도이다. 사령관은 의심이 많았기 때문에, 병사들을 지나 문을 열어주러 가는 동안 이것이 과연 좋기만 한 기적일까 의구심을 가졌다.