조광조가 펼친 개혁 운동 가운데서 가장 이해하기 힘든 것 중의 하나가 소격서를 폐지한 것이다. 소격서는 어떤 의미로 보아도 중요한 관청이 아니었다. 소격서는 나라에 천재지변이 있을 대 일월성신(日月星辰)에게 제사를 드리는 곳인데, 조선 왕조에는 이 소격서말고도 각종의 유교적인 제례가 있었으며, 전통적으로 우리나라 사람들의 정신 세계를 이끌어 왔던 불교적 제의의 전통이 조선 초기에도 강하게 남아 있었다. 그뿐만 아니라 산천과 성황당에 관련된 토속적 샤머니즘적인 제의도 여전히 그 영향이 컸다. 그런 속에서 소격서는 이들 어느 것을 능가할 만큼 큰 중요성을 지닌 것이 아니었다.

그러나 조광조가 관직에 진출한 중종 10년 이후 이 소격서 논쟁이 격화되었던 중종 13년 8, 9월에 이르기까지 조광조는 많은 일에 관여하였지만, 이 소격서 폐지 주장처럼 강력하고 적극적이며 지속적인 노력을 한 것은 없다. 그의 생애나 중종대의 정치사를 이해하는 데 있어서 이 소격서 폐지 논쟁에 관심을 가져야 할 이유가 여기에 있다. 그리고 이 소격서 폐지 논쟁을 기점으로 조광조는 더욱더 정치적인 문제에 깊이 관여하였다. 이 소격서 폐지 논쟁이 끝남과 더불어 바로 과거 제도를 개혁하여 현량과를 실시하자는 문제가 당시에 엄청난 논쟁을 불러일으켰으며, 이 뒤를 이어 정국공신들의 삭훈 문제가 벌어졌다. 말하자면 소격서 폐지 논쟁은 조광조가 정치적 개혁을 더욱 가속시키는 기폭제가 되었다.