· 1. 긴급 공지
교장 선생님의 실종 사건을 해결하기 위해 선생님들은 고심 끝에 전교생 앞에서 중대한 발표를 한다. 교장 선생님이 일주일 안에 돌아오지 못하면 우주 학교를 보호해 주는 모든 보안 시스템이 종료한다는 사실! 시현은 아이들과 교장실을 탐색하러 과학 선생님을 찾아가고, 우주 학교 지하에 숨겨진 던전이 있다는 사실을 알게 된다.

· 2. 7명의 특공대
CCTV를 통해 교장 선생님을 납치한 범인이 이로사라는 게 밝혀지자, 던전에 들어가서 교장 선생님을 구출할 7명의 특공대를 구성하기로 한다. 출입이 가능한 자는 오직 학생들뿐. 전교생 여론에 따라 시현의 주도하에 선발된 멤버는 시현, 선유, 투샴, 쇼촐, 빠로, 꼬꼬까지 6명. 던전에서 가장 필요한, 마지막 멤버는 과연 누가 될까?

· 3. 던전 속으로
통신 기능이 되는 ‘에그’를 갖고 7명의 특공대는 던전으로 향한다. 첫 번째 던전을 지나 두 번째 던전까지 쉽게 통과하지만, 세 번째 던전은 어딘가 심상치 않다. 시현의 몇 년 전 방을 똑같이 재현한 공간으로 들어온 특공대는 창밖에서 도망가는 그림자를 발견하는데. 혼란에 빠진 시현이 아이들에게 자신의 과거를 고백한다.

· 4. 그림자의 메시지
트라우마로 괴로워하는 시현을 두고 선유는 냉정하지만 다정한 위로를 건넨다. 시현은 방에서 의문의 책을 발견하고, 창밖에서 그림자가 책장을 넘기는 시늉 하는 걸 보게 된다. 그러자 책에서 의미심장한 문장들이 나타난다. 특공대는 유일하게 불이 켜진 병원으로 들어서고, 그곳에서 하나뿐인 진짜 병실로 가 보는데….

· 5. 아틀라스의 진실
갈림길이 있는 네 번째 던전에 들어선 특공대. 양쪽 문을 두 팀으로 나눠서 들어갔더니 문이 잠기고 OX 퀴즈가 나온다. 그런데 퀴즈가 모두 꼬뿌와 관련된 문제다? 과거의 대전쟁과 연관된 문제가 나오자 꼬뿌 종족은 분노하고, 아틀라스의 진실을 알게 된 모두가 충격에 빠진다.

· 6. 마지막 던전
다섯 번째 던전을 앞둔 아침. 도윤이 등교하지 않자 아이들은 도망갔다고 생각하고 수군거리기 시작한다. 어쩔 수 없이 6명만 던전에 입장하지만, 하필이면 전형적인 던전이 나타나서 특공대는 당황한다. 하나둘 함정에 빠지게 되면서 남은 건 시현과 선유뿐. 이대로 계속 가야 할까, 말아야 할까?

· 7. 도윤의 활약
도윤은 오해를 풀고 던전에 들어가 함정에 빠진 아이들을 구출해 준다. 그러나 기쁨도 잠시, 온몸이 마비되는 비구름을 맞고 모두가 꼼짝도 못 하게 된다. 마비를 풀어 줄 누군가가 오지 않으면 이대로 죽을 고비에 놓인 상황! 특공대를 구해 줄 수 있는 유일한 희망이 이로사라고?

· 8. 구원자
생각지 못한 구원자 덕분에 특공대는 마비가 풀리고, 8명이 된 특공대는 모든 던전을 통과하고 마침내 아틀라스 앞에 도착한다. 드디어 이로사와 교장 선생님을 마주한 아이들. 시현은 이로사가 우주 학교를 망치기 위해 온 스파이였다는 것과, 우주 학교를 노리는 적의 정체에 대해 알게 된다.

· 9. 이로사의 정체
이로사는 아틀라스의 숨겨진 의미가 ‘반성’이라는 걸 알려 준다. 이로사의 계획 중 하나가 실패하자 그 틈에 시현은 마음을 돌리기 위해 이로사를 설득하는데…. 과연 우주 학교와 아이들은 무사할 수 있을까? “지금 네 안에서 오류가 있는 거지? 우리가 널 설득할 수 있을까?”