말을 더듬는 소년은 전학 간 학교에서 친구들에게 놀림을 받는다. 게다가 아버지의 잦은 전근으로 학교를 이리저리 옮겨 다닐 수밖에 없어 더더욱 소년을 ‘외톨이’로 만든다.
소년 ‘기요시’는 어느 날 「고요한 밤 거룩한 밤」(일본어로 기요시, 코노요루)의 노래를 듣고 자기 이름과 비슷한 상상속의 친구 ‘기요시코’를 생각한다. ‘기요시코’ 앞이라면 소년은 말을 더듬지 않고 무슨 말이든 막힘없이 할 수 있다.
크리스마스 이브, 소년은 크리스마스 선물로 받고 싶었던 ‘어뢰정 게임’을 발음하지 못해 엄마 아빠가 사다 준 모형 비행기를 보며 속으로 ‘좋아, 난 비행정이 좋아.’하고 다짐한다. 하지만, 소년은 말을 더듬는 것보다 자신의 생각을 그대로 말하지 못하는 것에 더 속상해 한다.
자기 이름인 ‘기요시’의 ‘기’ 발음이 안 돼, 애를 먹는 소년에게는 늘 자신의 생각을 모두 나눌 수 있는 친구가 필요했다. 그래서 소년은 자신의 이름과 닮은 ‘기요시코’를 만나고 싶었다.
자신의 생각을 절반밖에 말로 표현하지 못하는 소년은 마을에서도, 학교에서도, 회사에서도 제대로 말을 못하는 사람들만 모여 모두들 다정하게 누구나 행복하게 살 수 있는 그런 장소가 어딘가 있었으면 좋겠다고 생각한다.
말에 의한 대화의 통로가 막혀버린 소년은 환경이 바뀔 때마다 자신의 생각을 그대로 표현할 수 있는 대화의 통로를 찾으려 애쓰지만, 자랄수록 말 더듬는 증상은 나아지기는커녕 더 어려워진다.
『안녕, 기요시코』는 학창 시절 아홉 번이나 이사를 다녀야 했던 작가의 소년 시절을 체험으로 하고 있다. 작가의 입장에서 보면 언젠가 쓸 수밖에 없었던 절실한 이야기이다.
작가는 작품 속에서 이야기의 주인공을 ‘기요시’가 아닌 ‘소년’이라는 3인칭 대명사를 사용하고 있다. 이는 어른이 된 작가 자신의 소년 시대를 떠올리게 하는 동시에 현재 청소년기를 거치고 있는, 동시대를 살아가는 모든 ‘소년’들을 상징하기도 한다.