경복이는 며칠째 몸져 누워있는 어머니와 먹지 못한 동생들을 위해 동네를 돌며 먹을 것을 구하기 위해 노력한다. 그러던 중 용배 청년이 마을 어른들에게 먹을 것과 보수가 좋은 일자리가 있다고 선전하는 소리를 듣게 된다. 다음 날 밤 경복이는 몰래 용배 청년이 말한 트럭에 몸을 숨긴다. 사실 그 트럭은 건강한 사람들을 속여 일본군에게 실험체로 팔아넘기는 마루타 수송차량이었다.

트럭은 731부대에 도착하였고, 숨어 있던 경복이는 발각돼 일본군의 추궁을 받는다. 그 탓에 잔뜩 긴장한 경복이는 발작 증세를 일으키게 되고, 근처를 지나가던 일본인 기사(의사) 사토시의 눈에 띄게 된다.

사토시는 발작으로 쓰러진 경복이의 모습에서 간질을 앓고 있는 자신의 아들 테츠오를 떠올리며 경복이를 데려가겠다고 한다. 테츠오를 대신해 경복이를 실험할 속셈으로 데려가지만 그걸 모르는 경복이는 자신의 또래인 테츠오를 만나 허물없이 대한다. 병약함과 내성적인 성격으로 주변에 마음의 문을 닫고 있던 테츠오는 경복이의 순수한 마음에 차츰 마음의 문을 열게 된다.

한편 사토시를 연모하는 간호장교 유키코는 테츠오의 마음을 얻기 위해 노력하지만 쉽지 않다. 그러던 중 테츠오가 만두를 좋아한다는 이야기를 듣고, 마침 심부름 온 경복이 편에 만두를 선물로 보낸다. 그러나 그 만두는 731부대에서 마루타들에게 실험할 세균 만두였고, 그걸 먹은 테츠오는 죽음에 이르게 된다.

사토시는 테츠오의 죽음에 분노해 경복이를 마루타 감옥에 가둔다. 하지만 테츠오는 죽음에 이르기 전 사토시에게 경복이를 풀어줄 것을 간곡하게 부탁한다. 사토시는 아들의 마지막 부탁을 들어주기 위해 경복이를 마루타 감옥에서 탈출시킨다.