인간이 새를 보고 하늘을 나는 꿈을 꾸었듯이, 소인족 코로보쿠루들에게도 하늘을 날고 싶다는 원대한 소망이 있다. 코로보쿠루들도 벌레를 보면서 저렇게 자유롭게 하늘을 날아 봤으면 하고 오래전부터 생각해 왔던 것이다. 코로부쿠루들은 여러 번의 시행 착오를 거치면서 더 작고, 더 편리하고, 더 빠르게 하늘을 나는 기계를 만든다.

드디어 새로운 날개치기식 하늘을 나는 기계의 시험 비행 날, 그만 높은 하늘 한가운데서 때까치에 부딪쳐, 처음 비행을 나온 버찌 기사의 조수 호두나무 처사 꿀벌이 떨어지고 만다. 콩알 개 부대 등이 총출동해서 꿀벌을 찾아 나서지만 어디에서도 발견되지 않는다.

꿀벌은 인간 소년 악동이한테 잡힌 것이다. 악동이는 신문을 돌리다가 우연히 땅에 떨어진 코로보쿠루를 주워서, 연필깍이에 넣어놓고 하늘에서 떨어진 우주인이라고 소중히 간직하며 친구가 되고 싶어한다.이윽고 산다화 형제, 천재 소녀 꽃님이 같은 코로보쿠루 아이들의 활약으로 꿀벌을 찾아내고, 키다리 씨의 딸 말괄량이의 도움으로 드디어 꿀벌은 풀려난다. 우정이 싹튼 꿀벌과 악동이는 친구가 되기로 한다.

"꿀벌 사건"은 코로부쿠루 작은 나라의 작은 역사에 커다란 영향을 미친 사건이다. 코로보쿠루와 인간의 관계는 이 이야기 뒤로 크게 달라져, 코로부쿠루가 인간 중에서 자기만의 친구를 만들 수 있도록 허용되었기 때문이다. 호두나무 처사 꿀벌과 악동이가 그 도화선에 불을 댕겨, 이제 사람들 마음의 세계 속으로 코로부쿠루들이 하나하나 조용히 스며 들어가게 되었다.