방대한 저술로 구상했던 『대혁신』의 2부에 해당하는 『신논리학(신기관)』에는 아리스토텔레스의 연역논리학을 새로운 논리학, 즉 신기관(new organon)으로 대체하겠다는 의미가 들어 있다. 즉 자연을 해석하고 탐구하기 위해서는 정신과 지성을 더욱 잘 이용해야 한다면서, 그 방법으로 귀납법에 근거한 전혀 새로운 논리학 체계를 제시하고 있는 것.
베이컨은 대개 사람들의 정신에는 자연을 제대로 이해하지 못하게 하는 어리석고 부정확한 우상들이 가득하므로 그것들을 뿌리뽑아야 한다고 주장한다. 그 우상들의 근원은 인간의 본성(종족의우상), 개인 고유의 기호와 편견(동굴의 우상), 인간 상호간의 교류와 접촉(시장의 우상), 그리고 다양한 철학들, 특히 아리스토텔레스의 작품들(극장의 우상)이다.
제1권 ‘(우상) 파괴편’은 당시의 철학과 과학적 방법에 대한 신랄한반박으로 구성되어 있는데, 삼단논법적인 방법을 비롯해서 사람들이 합리적인 방법으로 자연을 탐구하지 못하도록 훼방하는 다양한 우상들을 논박한다.
제2권 ‘(진리) 건설편’에서는 우상에서 해방된 인간의 지성이 걸어야 할 길, 즉 여러 가지 예를 통해 ‘참된 귀납법’을 상세히 설명한다. 귀납법이란 긍정적 명제에 이를 때까지다양한 가능성을 배제하는 방법이다.
마지막 부분에서는 어떤 자연 해석이 가능하기 이전에 베이컨이 본질적인 것이라고 주장하는 종류의 자연지(자연지)를 개략적으로 정리한다. 신논리학의 방법은자연 세계에 대한 방대한 양의 정보가 수집되어야 비로소 실행할 수 있다.