평범한 초등 학생 은익이는 어느 날, 갑자기 겨드랑이가 아파 오기 시작한다. 그 고통은 서서히 사라졌지만 그 이후에도 여러 번 심한 고통이 나타나곤 한다. 병원에서는 성장통이라는 진단뿐이다. 은익이의 소식을 전해 들은 은익이 아빠는 프랑스 유학을 마치고 급히 귀국한다. 그러고는 은익이에게 조심스럽게 노트 한 권을 준다. 그 노트는 바로 은익이네 가족의 비밀이 담긴 비밀 족보이다. 은익이는 아빠가 정성껏 직접 적어 놓은 노트를 읽기 시작한다.
제주도에서 솜씨를 인정받은 뛰어난 석공 부익모 할아버지. 할아버지 겨드랑이 밑에서 날개의 씨가 보이자 집안 식구들은 아무도 몰래 침과 약으로 날개 뿌리를 없애고 만다. 나라에서 알게 되면 가족은 물론 마을 전체가 몰살당하고 말 것이기 때문이다. 그 바람에 익모 할아버지는 죽는 순간까지 날개에 대한 미련을 떨치지 못한다. 결국 죽은 뒤 영혼이 되어서까지 바위에 날개 달린 사람 조각을 완성하고, 드디어 그토록 원하던 날개를 갖게 되자 하늘로 오르기 전 마지막으로 마을을 둘러본다. 때마침 불어 닥친 태풍 속에서 위험에 처한 사람들을 모두 구해 주느라 빨리 이승을 떠나야 한다는 저승사자의 말을 듣지 않는다. 결국 할아버지의 영혼은 하늘의 뜻을 어긴 죄로 하늘로 올라가지 못하게 되고, 날개 달린 사람 조각도 산산조각 나고 만다. 그 대가로 후손들도 날개의 씨가 자랄 때는 고통을 겪게 된 것이다. 날개는 가엾고 약한 사람들을 위해 하늘이 준 선물이기 때문에 나쁜 마음을 품을 때는 더욱 심한 고통이 따른다고 적혀 있다.
비밀 족보를 끝까지 읽고 난 은익이는 날개 달린 사람의 후손으로서, 편을 갈라 아이들을 따돌리고 괴롭히는 같은 반 친구 장미를 모두의 친구로 만들어야겠다고 결심한다.