열 살 소년 엘리오는 엉뚱한 상상하기를 좋아한다. 문제는 상상 속에 빠져있을 때면 입을 헤 벌리고 있다는 것. 친구들은 엘리오가 지어낸 엉뚱한 이야기 덕분에 하루하루가 즐겁지만, 어른들은 멍청하게 넋을 빼고 상상만 해대는 엘리오의 버릇을 고치고 싶어 안달이다.
아빠는 궁리 끝에 어느 날 일광욕을 즐기는 엘리오에게 다가가 ‘그렇게 입을 헤 벌리고 있다간 구름을 삼켜 버리겠다’고 농담하는데, 그 말을 듣고부터 엘리오는 입을 꼭 닫아 버린다. 심지어 말을 할 때조차 입을 열지 않는다. 상상력 풍부한 엘리오가 진짜 구름을 삼켰다고 믿고, 소중한 자기만의 구름이 빠져 나가지 않도록 입을 닫아 버린 것이다.
엘리오가 입을 닫고 얌전하게 변하자, 엄마 아빠는 무척 좋아한다. 그러나 곧 이전의 엘리오를 그리워하게 된다. 신기한 것을 봐도 감탄하지 않고, 자기 감정을 조금도 드러내지 않는 아이 앞에서 부모는 크게 실망한다. 아이의 개성을 인정해주지 못하고 획일적으로 가르치려고만 들었던 자신들의 어리석음을 반성한다.
엄마 아빠는 결국 사소한 것에도 감탄하고 상상해 낸 이야기들을 종알대던 엘리오의 진짜 그대로가 몹시 그립고, 그 모습 그대로를 사랑한다고 고백한다. 사랑이 담긴 부모님의 솔직한 고백을 듣고 엘리오는 눈물을 흘리며 비로소 입을 연다. 부모님과 엘리오가 처음으로 서로의 마음을 이해하게 되는 순간, ‘내 배 속의 구름이 비가 되어 떠났다’는 엘리오의 마지막 대사가 인상적이다.