1569년 허엽의 삼남 삼녀 가운데 막내아들로 태어났다. 서울 건천동에서 자랐다. 1579년 아버지가 경상감사가 되어 내려갔는데 다음 해에 아버지가 상주 객관에서 죽었다. 1582년 작은형을 찾아온 시인 이달을 처음 만났고 이달은 나중에 그의 스승이 되었다. 1588년 작은형이 죽고, 1589년에 누이 난설헌이 죽은 후에 난설헌의 시 210편을 정리하여 책으로 엮었다.

1592년 임진왜란이 시작되자 홀어머니 김씨와 만삭된 아내를 데리고 피난길을 떠나 여기저기를 전전하다가 강릉에 도착했고, 사천 애일당 외가에 머물렀다. 이때부터 애일당이 있는 뒷산의 이름을 따서 교산(蛟山)이란 호를 썼다. 1593년에《학산초담》을 지었고, 1596년 강릉부사였던 정구와 함께 《강릉지》를 엮었다.

1598년 중국의 장군과 사신들을 접대하느라고 돌아다녔다. 중국의 종군문인 오명제에게 《조선시선》을 엮어주었으며, 《난설헌집》 초고를 중국에 전파케 했다. 10월 13일, 다시 병조좌랑이 되어 가을에 평안도를 다녀왔다. 1599년 황해도사가 되었는데, 기생을 너무 많이 데리고 다닌다는 이유 때문에 사헌부의 탄핵을 받고 파직되었다.

1611년 유배지인 전라도 함열에 도착해서 문집 《성소부부고》 64권을 엮었다. 11월에 귀양이 풀려 서울로 돌아왔다. 1612년 8월 9일, 큰형 허성이 죽었고 가장 가까운 벗 권필이 광해군을 풍자하는 시를 지었다가 매맞아 죽었다.

1615년 정2품 가정대부에 올랐다. 동지겸진주부사(冬至兼陳奏副使)가 되어 중국에 갔다. 이때 다녀온 기록을 《을병조천록》으로 남겼다. 1618년 봄, 스승 이달의 시집 《손곡집》을 간행하였다. 윤4월 7일, 남대문에다 백성들을 선동하는 흉서를 붙인 심복 하인준이 잡혀들어갔다. 17일에 허균도 기준격과 함께 옥에 갇혔다. 그의 심복들이 허균을 탈옥시키려고 감옥에 돌을 던지며 시위하였다. 22일에 광해군이 친히 허균의 심복들을 국문하였다. 이이첨은 망설이는 광해군을 협박하여 허균의 처형을 서둘렀다. 허균은 결안도 없이 8월 24일에 그의 심복들과 함께 서시에서 처형당했다.

1968년 군항 진해에서 태어났다. 서울대 국어국문학과에 입학하여 박사과정을 수료할 때까지 신화와 전설과 민담 그리고 고전소설의 세계에 푹 빠져 지냈다. 진해로 돌아와 해군사관학교에서 해양문학을 가르치며, 첫 장편 『열두 마리 고래의 사랑 이야기』와 첫 역사소설 『불멸의 이순신』을 썼다. 10년 동안 대학교수로 재직하며 역사추리소설 ‘백탑파 시리즈’를 시작했고, 『허균, 최후의 19일』, 『나, 황진이』, 『리심』 등을 완성했다. KAIST 문화기술대학원 교수를 끝으로, 2009년 여름 대학을 떠났다.

이후 많은 반향을 일으킨 사회파 소설 『거짓말이다』, 『아름다운 그이는 사람이어라』, 『살아야겠다』를 발표하였다. 장편소설 『이토록 고고한 연예』를 쓰며 판소리에 매혹되었고, 소리꾼 최용석과 ‘창작집단 싸목싸목’을 결성하였다. 지금까지 『참 좋았더라』를 비롯 32편의 장편소설과 3권의 단편집과 3편의 장편동화를 냈다. 『김탁환의 섬진강 일기』, 『아름다움은 지키는 것이다』, 『엄마의 골목』 등 다수의 에세이와 논픽션도 출간했다. 『불멸의 이순신』, 『나, 황진이』, 『허균, 최후의 19일』이 드라마로 제작되었고, 『열녀문의 비밀』, 『노서아 가비』, 『조선마술사』, 『대장 김창수』는 영화로 제작되었다.

2020년 겨울, 그는 곡성 섬진강 들녘으로 집필실을 옮겨, 마을소설가이자 초보농사꾼으로 새로운 삶을 살고 있다. 글을 쓰고 논밭을 일구는 틈틈이 이야기학교와 생태책방과 마을영화제까지 공동체 활동도 함께 꾸려가며 마을의 의미와 가치를 되새기고 있다. 2023년 곡성에서 구상하고 집필한 대하소설 『사랑과 혁명』을 출간하였고, 3년간 전국 곳곳 이중섭의 발자취를 따라 집필한 소설 『참 좋았더라』를 썼다. 『참 좋았더라』 속에 담지 못한 백석과 이중섭의 이야기를 번외편 『내 사람을 생각한다』에 담았다.