1926년 영국 남부의 엑시스 주에서 태어났다. 전쟁에 징집되었다가 종전 후 4년 동안 옥스퍼드 대학을 다니면서 프랑스 문학을 전공했고, 자연스럽게 카뮈와 사르트르, 누보로망에 큰 영향을 받았다. 1950년에 프랑스어로 학위를 받았고, 그 후 여러 곳에서 교편을 잡았다. 프랑스의 프랑스와 그리스 등지에서 영어 교사로 일하다가 1950년대 중반에 귀국한 뒤 대학 강단에 서는 한편 소설을 쓰기 시작했다. 1963년 발표한 처녀작 『콜렉터』는 국제적인 명성을 작가에게 안겨 주었고, 다음으로 소개된 『마법사』(1966) 역시 걸출한 상상력과 혁식적인 기법으로 히피 세대들의 필독서로 떠올랐다. 〈더 타임즈〉는 장문의 서평을 통해 그를 '전후에 등단한 작가들 가운데 가장 독창적이고 장래가 촉망되는, 그리고 위대한 영국 문학의 전통을 가장 확실하게 재창조해 나갈 수 있는 작가〉라고 평했다.
존 파울즈의 모든 소설들 가운데 가장 큰 찬사를 받은 『프랑스 중위의 여자』는 전후 대표적인 포스트모더니즘 소설로 불리며, 1969년 실버펜상과 1970년 W. H. 스미스 문학상을 수상하고, 2005년에는 「타임」지가 선정한 〈20세기 100대 영문 소설〉로 선정되었다.
존 파울즈의 주요 작품들로는 『아리스토스』(1964), 『마법사』(1966), 『프랑스 중위의 여자』(1969), 『에보니 타워』(1974), 『난파선』(1975), 『다니엘 마틴』(1977), 『섬』(1978), 『나무』(1979), 『만티사』(1982), 『구더기』(1985), 『벌레 구멍』(1998)이 있고, 오랫동안 공개가 예고되었던 『일기』도 2003년에 출간되었다. 그는 2005년 11월 5일, 향년 79세로 타계했다.